En la versión de Alfresco instalada desde comienzos del año 2018 ya es posible subir carpetas sin más que arrastrarlas a la ventana del navegador web. No obstante, hay otras alternativas:

Es posible subir un arbol de carpetas, en lugar de ficheros de uno en uno, utilizando WebDAV.
La dirección es: https://documenta.unizar.es/alfresco/webdav [1]

 
Detalles para distintos sistemas operativos:

OS X: cmd-k
https://documenta.unizar.es/alfresco/webdav

Linux: Leer:
http://www.webdavsystem.com/server/access/gnome_nautilus

Windows Leer:

Enlace a manual de configuración de webdav en windows

Otra alternativa consiste en subir un fichero comprimido tipo "zip" y desde el propio interfaz de "Alfresco" descomprimir el fichero subido, y borrarlo una vez terminado el proceso.

En caso de que no se desee (o no se pueda) utilizar el cliente nativo WebDAV del sistema operativo, es posible utilizar una aplicación externa. Una posibilidad es
Cyberduck

[1] Nota muy importante:
En el caso de Windows, conviene tener presente que Microsoft implementa WebDAV utilizando extensiones propietarias MS-DAVEXT que no son 100% compatibles con el estándar RFC. Por ello, desde Windows es recomedable utilizar la dirección alternativa:

https://documenta.unizar.es/alfresco/aos

[2] Nota adicional importante:
Los clientes nativos de WebDAV tanto de Windows como de OS X parecen dar problemas aleatorios. No suelen ser importantes para un uso ocasional del servicio, pero se ha encontrado que el trabajo continuado usando WebDAV no es todo lo fiable que debería. Este problema no se da utilizando clientes específicos de WebDAV. No obstante conviene recordar que el acceso vía WebDAV es un recurso secundario.
Si un grupo de trabajo utiliza Alfresco principalmente como "Carpeta de red" probablemente debería considerar la opción de utilizar el servidor de "carpetas de red" de la U.Z. en lugar del gestor documental Alfresco.